MSc Thesis presentation of Rafail N. Adam – Monday, 08/6/2026
Student: “Rafail N. Adam”
Program: “Data Science and Information Technologies”
Title: “MicroRNA target prediction with novel machine learning methods beyond quadratic attention”
Abstract:
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that regulate
gene expression, primarily by suppressing mRNA translation through
binding to MicroRNA Response Elements (MREs). They are involved in
many physiological processes, and their dysregulation is associated with
disease. Advances in multi-omics and personalized medicine have
enabled miRNA discovery and analysis through high-throughput
techniques such as small RNA-seq, AGO-eCLIP, and AGO-CLASH, which
quantify miRNA–mRNA interactions. Because a single miRNA can target
multiple mRNAs, understanding their regulatory effects requires
advanced computational approaches. Consequently, numerous machine
learning and deep learning models have been developed for miRNA
target prediction, either by identifying valid miRNA–MRE interactions or
by predicting gene-level effects using transcriptomic data. This thesis
presents the development of a machine/deep-learning model that
predicts interactions between miRNAs and MREs. AGO2-eCLIP data were
used to train and evaluate several models, resulting in a weighted
ensemble approach capable of distinguishing valid from invalid
interactions with Average Precision performance comparable to current
state-of-the-art methods. The model also provides interpretability by
estimating the contribution of each feature to the final prediction.
Date-Time: 08/06/2026 – 11:00 AM
Examination Committee:
Prof. Martin Reczko
Prof. Artemis Hatzigeorgiou
Prof. Alexandros Dimopoulos
Msc Thesis Presentation
Monday, June 8 · 11:00am – 12:00pm
Time zone: Europe/Athens
Google Meet joining info
Video call link: https://meet.google.com/wfp-snxk-trn
Παρουσίαση των Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων Σπουδών (ΠΜΣ) και Διατμηματικών Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) του Τμήματος
Η Παρουσίαση των Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων Σπουδών (ΠΜΣ) και Διατμηματικών/Διιδρυματικών Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών ΕΚΠΑ, θα πραγματοποιηθεί δια ζώσης, στο Αναγνωστήριο του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών την Πέμπτη 21 Μαΐου 2026, ώρα 11.00 έως 14:00.
Call for applications for the academic year 2026- 2027
The applications shall be submitted from May 4 to June 8 2026 at :
http://pgs.di.uoa.gr/outer/index.php
Προκήρυξη θέσης Υποψήφιου Διδάκτορα στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Προκήρυξη
Προκηρύσσεται μία θέση Υποψήφιου Διδάκτορα στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, στο Τμήμα Δημόσιας και Ενιαίας Υγείας, με θέμα διδακτορικής διατριβής:
«Ανάδειξη και αξιοποίηση μοναδικών πεπτιδίων στο πλαίσιο της Ενιαίας Υγείας: εφαρμογές στην ασφάλεια τροφίμων και την ανίχνευση νοθείας στα τρόφιμα».
Το αντικείμενο της διατριβής γεφυρώνει τη βιοπληροφορική με τη βιολογία και την ιατρική στο πλαίσιο της προσέγγισης One Health/Ενιαία Υγεία και απαιτεί ουσιαστική διεπιστημονική κατάρτιση.
Οι υποψήφιοι θα πρέπει να διαθέτουν υπόβαθρο στη Βιολογία, ή τη Χημεία ή τις Επιστήμες Υγείας ή την Πληροφορική και τους Αλγόριθμους και να έχουν ισχυρό ενδιαφέρον για συνεργασία μεταξύ των διαφορετικών επιστημονικών πεδίων.
Υποψήφιοι με υπόβαθρο στη βιολογία ή στις επιστήμες υγείας αναμένεται να αναπτύξουν δεξιότητες σε αλγοριθμική σκέψη και υπολογιστικές μεθόδους, ενώ υποψήφιοι από τον χώρο της Πληροφορικής θα εξοικειωθούν σε βάθος με βασικές αρχές βιολογίας και ιατρικής.
Προσφέρεται υποτροφία ύψους 6.000€ ετησίως για τρία έτη, με την προϋπόθεση κάθε έτος να υπάρξει είτε μια δημοσίευση σε περιοδικό Q1-Q2 είτε μία παρουσίαση σε συνέδριο.
Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να στείλουν τα βιογραφικά τους στον Δρ. Τσάγκαρη Γεώργιο (gthtsangaris@bioacademy.gr) και στην Αναπλ. Καθ. Κατσαφάδου Αγγελική (agkatsaf@uth.gr) μέχρι τις 24 Απριλίου 2026.